Ответ:

Почему who knew, а не who did know.

Who knew it? Who did it? Who wrote it? Who read it?

Если в предложении есть who, после него пишется слово слово в форме Past Simple без вспомогательного глагола did.

Почему what color was this car, а не what color did this car?

'What color is this car?' - Present Simple; перевод - 'Какого цвета эта машина?'. Past Simple - 'What color was this car?'; перевод - "Какого цвета была эта машина?". По-моему, здесь нет ничего нелогичного.

'What color did this car?' не только звучит неправильно; did - вспомогательный глагол, поэтому это вторая причина, почему это предложение неправильное.

Почему were you busy, а не did you were busy?

С was/were, wasn't/weren't не ставится вспомогательный глагол did. Запомните это!

Мы не говорим I don't were at home yesterday, это неправильно. Просто запомните то, что если глагол - быть (to be), используются was/were, wasn't/weren't.

Всё верно, при составлении вопросов используют и did и was/were.

did мы используем когда есть смысловой глагол(часто отвечает на вопрос что делать? )

  Did you see that? => ты видел это? ( что сделал? увидел)

А когда нету такого глагола, то ставят was/were в переводе был/были

who knew => тут глагол know принимает вторую форму, следовательно did не может быть, did мы используем только в вопросах и отрицаниях(didn't) + (форма глагола в настоящем времени), ну а was/were тут не может стоять уже по смыслу( с глаголом их не ставят)

what color was this car => Какого цвета была эта машина? Машина ничего не сделала, нету глагола, значит ставим was/were в соответствии с местоимением.

were you busy => опять же, нету глагола. Если было бы ' Ты плавал вчера?', то уже звучало бы как did you swim yesterday?

Проще говоря did с глаголами, а was/were с существительными, прилагательными, местоимениями

Важное уточнение: was/were это 'to be' в прошедшем времени, а did всего лишь кирпичик для правильного строения предложения и никак не переводится.