Отличия во внутреннем строении:
кровеносная система моллюсков не замкнутая, дыхательная система имеет жабры или легочный мешок (у червей отсутствует), выделительная система - видоизмененные метанефридии (черви)  , половая система более совершенна.
Отличия во внешнем строении: тело моллюсков имеет отделы и раковину, у червей органы движения - щетинки (параподии), а у моллюсков - щупальца или же мускулистая нога.

Отличия во ВНУТРЕННЕМ СТРОЕНИИ: 
моллюски имеют более дифференцированную пищеварительную систему и печень, 
нервная система мягкотелых- разбросанно-узлового типа, органы чувств развиты лучше ( у Кольчецов - брюшная нервная цепочка) , 
кровеносная система моллюсков НЕ замкнутая, 
дыхательная система имеет жабры или лёгочный мешок ( у червей отсутствует) , 
выделительная система - видоизменённые метанефридии, 
половая система более совершенна. 

Отличия во ВНЕШНЕМ СТРОЕНИИ: у червей тело - сигментированный кожно-мускульный мешок, 
а тело моллюсков имеет ОТДЕЛЫ и раковину (в большинстве случаев) . 
У червей органы движения - параподии (щетинки) , 
у моллюсков - мускулистая нога (Брюхоногие) , щупальца (Головоногие) . 
У моллюсков встречается ассиметрия тела (Брюхоногие) и отсутствие головы (Двустворчатые) . У Двустворчатых - вводной и выводной сифоны.