Как нетрудно догадаться, первым микроскопом, который был предложен учеными человечеству, базировался на оптически явлениях. Его конструкцию предложил врач из Италии Дж. Фракасторо, который достиг с помощи комбинации нескольких линз небывалого раньше увеличения рассматриваемого объекта. Произошло это в далёком 1538. Однако тогда изобретение не нашло широкого применения среди естествоиспытателей и было забыто на следующих 50 лет.

Упоминания о приборе, который уже напоминает современный микроскоп, относятся к 1590 году. Его изобретателем стал Иоанн Липперсгей, который также известен тем, что создал первый рабочий прототип оптического телескопа. Вместе со своим другом, занимавшимся продажей и созданием очков, Захарием Янсеном, они смогли представить первый прототип прибора научному сообществу Голландского города Мидделбург. Этот прибор вызвал немного больший ажиотаж, однако тоже вскоре был позабыт из-за слишком малой разрешающей способности.

Ещё позже, уже в 1624 году, свой прототип прибора, который первоначально был назван "оккиолино" ("occhiolino" — дословно с итальянского означает маленький глаз) представил также и Галилео Галилей. Он уже имел составную природу и мог существенно помочь научному сообществу того времени.

Друг Галилео по научной академии, Джованни Фабер, в 1625 году на одном из собраний учёных мужей высказал идею о том, чтобы переименовать данное изобретение в его современное имя "Микроскоп". С этих пор и начинается история данного прибора под всем известным именем и приблизительно схожей с современными образцами конструкциями.