Фауна Баргузинского заповедника типично таежная, но с некоторыми особенностями, вызванными горным рельефом и непосредственной близостью Байкала. Фауна наземных позвоночных включает 41 вид млекопитающих, 280 видов птиц, 6 видов рептилий, 3 вида амфибий 46 видов рыб и свыше 790 выявленных видов насекомых.Из 41 вида млекопитающих более 80% составляют типичные лесные обитатели.Есть среди них такие таежные животные, как белка, летяга, средняя и крошечная бурозубки, широко распространенные на севере Европы и в Азии.Встречаются и восточнопалеарктические виды: кабарга, соболь, колонок, азиатская лесная мышь, бурундук, лесной лемминг. Из палеарктических видов - благородный олень (изюбрь),из центральноазиатских степных - солонгой, из центральноазиатских горнотундровых - альпийская пищуха и большеухая полевка. Весьма значительна доля голарктических видов: волк, лисица, ласка, горностай, росомаха, заяц-беляк, рысь, бурый медведь, лось красная полевка и полевка-экономка. Имеются и представители берингийской фауны: черношапочный сурок и северный олень.Значительную роль в орнитофауне заповедника играют виды китайского типа: се-доголовая овсянка, сибирский жулан, зеленая пеночка, сибирская горихвостка, белопоясный и иглохвостый стрижи, пятнистый конек, удод, зимородок, седой дятел, сойка, большая синица.