Наиболее важной ролью папоротников в природе является то, что данные организмы являются неотъемлемой частью биосферы, как и любой другой из видов организмов. Они принимают активное участие в круговороте вещества и энергии, посредством синтеза зелёной биомассы с использованием минеральных веществ и солнечной энергии, которую затем используют для питания другие организмы, которые в свою очередь продуцируют разными путями биомассу, становящуюся пищей для редуцентов, раскладывающих последнюю до минеральных веществ.

Кроме этого они также образуют симбиоз со многими представителями растительного мира, извлекая пользу как для себя, так и предоставляя её для разнообразных других представителей флоры. Они вступают в квартириансткие отношения с многими видами разнообразных насекомых и других мелких животных.

Для людей папоротникообразные представляют интерес с научной, филогенетической, исторической и многих других точек зрения. В некоторых странах папоротники используют в качестве пищевых продуктов, а также в качестве материалов для создания удобрений, лекарственных препаратов и косметики. Некоторые папоротники являются эндемическими видами для разнообразных территорий и подлежат строжайшей защите со стороны властей.