Большое сходство зародышей на ранних стадиях развития и появление различий на более поздних стадиях имеют своё объяснение.Изменчивости подвержены все стадии развития.Мтационный процесс затрагивает гены, обусловливающие особенности строения и обмена веществ у самых молодых эмбрионов.Но структуры, возникающие у ранних эмбрионов играют весьма важную роль в процессах дальнейшего развития.Зачаток хорды индуцирует образование нервной трубки, и его утрата приводит к прекращению развития.Изменения на ранних стадиях обычно приводят к недоразвитию или гибели.Но, изменения на поздних стадиях, затрагивая менее значительные признаки, могут быть благоприятны для организма и в таких случаях подхватываются естественным отбором.

Это заметка из учебника Биологии 10-11 класс В.Б.Захарова.Здесь всё подробно описывается.