1) Видовой состав. В биоценозе наличествует огромное количество самых разнообразных видов, количество которых в значительной мере превышает количество таковых в агроценозах.

2) Пищевые цепи. Пищевые цепи биогеоценозов насчитывают зачастую достаточно большое количество звеньев, тогда как количество звеньев в агроценозах в значительной мере меньше.

3) Характер круговорота веществ. Круговорот веществ в агроценозах, в отличии от биогеоценозов, обладает незамкнутым характером, поскольку люди забирают абсолютно все плоды и зёрна с произрастающих на его территории растений, а остатки растений не остаются перегнивать в природных условиях, а убираются для предотвращения размножения разнообразных паразитов.

4) Устойчивость во времени. Агроценозы - крайне не устойчивы во времени, поскольку виды, входящие в их состав, не могут длительный период времени существовать без вмешательства человека, подпитки удобрениями, а также не способны выдерживать конкуренции с хорошо адаптированными и неприхотливыми видами из дикой природы. Биогеоценозы же обладают достаточно выраженной устойчивостью во времени, однако они подвержены сукцессии, результатом которой является смена одного вида биогеоценоза на другой.