Оно плоское, круглое, слегка желтоватое. Рубчик в виде вытянутой площадочки расположен на узком ребре семени в его основании. Семенная кожура твердая и прочная, но сравнительно тонкая. Сквозь кожуру просвечивает контур зародыша, который изогнут и расположен ближе к ребру семени. Центральная часть семени занята особой запасающей тканью, которую называют эндоспермом. На разрезе семени перца, сделанном параллельно его плоской стороне, хорошо видно, что зародыш окружает эндосперм. Сравним строение семян фасоли и перца и выделим черты их сходства и различия. Сходство проявляется в том, что семена имеют кожуру и зародыш с двумя семядолями. Однако у фасоли эндосперма нет и запасные вещества отложены в семядолях, то есть в листьях зародыша. У перца ендосперм хорошо развит, и именно в нем отложены запасные вещества семени, а семядоли тонкие. У зародыша перца почечка слабо развита и представлена маленьким участком образовательной ткани.