С древнейших времён территория нынешней Намибии была населена бушменскими (санскими) племенами (занимавшимися охотой и собирательством), позже туда пришли готтентоты — нама и дамара (кочевники-скотоводы).

Примерно с XVI века с севера начали проникать племена банту — гереро, овамбо, каванго, йейе, тсвана и другие. В конце XVIII века овамбо оттеснили гереро, а также готтентотов, на юг. В 1830-х годах вновь пришедшее из Капской колонии готтентотское племя нама во главе с вождём Йонкером Африканером подчинило племена гереро и дамара.

Европейцы пришли в эти засушливые земли сравнительно поздно — лишь в 1878 году Великобритания присоединила Уолфиш-Бей к Капской колонии. В 1883 году немецкий купец Адольф Людериц выкупил участок побережья в районе бухты Ангра-Пекена у одного из местных вождей племени нама — за 200 ружей и товаров стоимостью 100 фунтов стерлингов.

По англо-германскому договору 1890 года всё побережье современной Намибии, исключая Уолфиш-Бей, отошло к Германии. Таким образом, были определены границы колонии Германская Юго-Западная Африка.

Немецкие власти поощряли приезд белых колонистов, занимавших земли местного населения. В начале 1904 года под руководством вождя Самуэля Магареро гереро подняли восстание, убив более сотни немецких поселенцев. Германия направила в Юго-Западную Африку 14 000 солдат во главе с генералом Лотаром фон Трота, который объявил, что все гереро должны быть изгнаны из страны. В битве при Ватерберге гереро потерпели тяжёлое поражение. Выжившие попытались добраться через Калахари в британское владение Бечуаналенд (ныне Ботсвана): Британия обещала дать гереро убежище, если они не будут продолжать восстание. Многие погибли, не выдержав этого перехода.

По данным 1905 года, когда немцы провели первую перепись населения, в Юго-Западной Африке оставалось около 25 000 гереро, в основном женщины и дети. Они были помещены в концентрационные лагеря, подобные тем, что англичане устраивали во времена войны против буров.

Вскоре после подавления восстания гереро против немцев выступили нама. Их лидерами были Хендрик Витбоой и Якоб Моренга. Боевые действия продолжались до марта 1907 года, когда было подписано мирное соглашение (хотя Моренга вёл партизанскую войну и позже). Оценки численности нама, погибших в ходе восстания, сильно колеблются: по всей видимости, их было около 40 000.

В ходе Первой мировой войны, в 1915 году, войска Южно-Африканского Союза захватили Намибию. В 1920 году ЮАС получил от Лиги Наций мандат на управление Юго-Западной Африкой. После прекращения деятельности Лиги ЮАР отказалась сдать мандат и продолжала контролировать эту территорию, установив там режим апартеида. ЮАР рассматривала Намибию как буфер, защищающий страну от «вражеских» государств Чёрной Африки. Белое меньшинство Намибии было представлено в парламенте ЮАР. Уолфиш-Бей, с 1878 года составлявший часть Капской колонии и не входивший в состав Германской Юго-Западной Африки, был включён англичанами в состав Юго-Западной Африки в 1915 году и был возвращён ЮАР лишь в конце 1970-х. Таким образом на момент принятия Декларации ООН о деколонизации (1960 год) Уолфиш-Бей оказался в составе Намибии, вследствие чего государства-члены ООН не признали его обратную передачу в состав ЮАР. Уолфиш-Бей перешёл под контроль Намибии в 1994 году.