Лесная (таежная, лесоболотная) зона охватывает пространство между 66o и 56oс.ш. полосой примерно в 1000 км. В нее входят северная и средняя части Тюменской области, Томская область, северная часть Омской и Новосибирской областей, занимая около 62% территории Западной Сибири. Лесную зону Западно-Сибирской равнины подразделяют на подзоны северной, средней, южной тайги и березово-осиновых лесов. Основным типом лесов зоны являются темнохвойные леса с преобладанием ели сибирской, пихты сибирской и сосны сибирской (кедра). Темнохвойные леса встречаются почти всегда лентами по долинам рек, где они находят условия необходимого для них дренажа. На водоразделах они приурочены только к холмистым, возвышенным местам, а плоские территории заняты преимущественно болотами. Важнейший элемент ландшафтов тайги - болота низинного, переходного и верхового типа. Лесистость Западной Сибири составляет всего 30.5% и является следствием слабой расчлененности и связанной с ней слабой дренированности всей территории региона, что способствует развитию не лесообразовательных, а болотообразовательных процессов на всей площади таежной зоны. Западно-Сибирская равнина характеризуется исключительной обводненностью и заболоченностью, ее средняя и северная части относятся к одним из самых переувлажненных пространств на земной поверхности. Самые крупные в мире болотные массивы (Васюганский) расположены в южной тайге. Наряду с темнохвойной тайгой на Западно-Сибирской равнине встречаются сосновые леса, приуроченные к песчаным наносам древних аллювиальных равнин и к песчаным террасам вдоль речных долин. Кроме того, в пределах лесной зоны сосна является характерным деревом сфагновых болот и образует своеобразные ассоциации сфагновых сосняков на заболоченных почвах.
    Лесостепная зона, примыкающая к подзоне лиственных лесов лесной зоны, характеризуется присутствием и лесных, и степных растительных сообществ, а также болот (рямов), солончаков и лугов. Древесная растительность лесостепной зоны представлена березовыми и осиново-березовыми лесами, которые встречаются островками или в виде колков, приуроченных обычно к блюдцеобразным понижениям, основной же фон образует луговая и разнотравно-злаковая степь. Только в Притоболье и Приобье этой зоны распространены естественные островные сосновые леса. Характерной чертой лесостепи Западной Сибири является гривно-лощинный рельеф и обилие соленых бессточных озер.
    Степная зона охватывает южную часть Омской и юго-западную часть Новосибирской областей, а также западную часть Алтайского края. В нее входят Кулундинская, Алейская и Бийская степи. В пределах зоны по древним ложбинам стока ледниковых вод произрастают ленточные сосновые боры.
    Значительная высота гор Западной Сибири обусловливает развитие здесь высотной поясности. В растительном покрове гор Западной Сибири ведущее положение занимают леса, покрывающие большую часть площади Салаирского кряжа и Кузнецкого Алатау и около 50% территории Алтая. Высокогорный пояс отчетливо развит только в горах Алтая. Леса Салаира, Кузнецкого Алатау, северо-восточной и западной частей Алтая характеризуются широким развитием реликтовой формации черневой тайги, которая встречается только в горах юга Сибири. Среди черневой тайги в бассейне р.Кондомы расположен реликтовый "липовый остров" - участок липового леса площадью около 150 км2, рассматриваемый как остаток третичной растительности.