Характерными загрязняющими веществами рек бассейна Томи являются: нефтепродукты (1,4-1,7 редко до 10,6 ПДК), фенолы (1-2 реже до 6 ПДК), железо общее (1,1-6,5 ПДК, в единичных случаях до 13,1), в отдельных створах — соединения азота (до 1,5, реже 6,7 ПДК), органические соединения (до 1,1, редко 3,2 ПДК), тяжелые металлы (Mn −1,2-2,5 ПДК, единичные замеры до 39,8, Cu — 1,3-1,4 ПДК, редко до 7 ПДК). В Томи в течение зимы[какой?][уточнить] в створе выше Новокузнецка зарегистрировано 8 случаев теплового загрязнения. Максимальные превышения ПДК загрязняющих веществ наблюдались: нефтепродукты — Томь в районе Крапивинского (15,6), фенол — Томь в районе Славина (6) и Ускат и устье Абы (по 5), азотистые соединения — Томь в районе Славина и Ускате (9,1 и 9,6 соответственно), органические соединения — Томь в районе Славина (3,2), железо общее — Томь в районе Крапивинского (8,1), устье Абы (8,8), Кондома (13,1) марганец — в Абе (до 16-22), в Искитимке (до 39,8), медь — в Ускате (7).