В XIX веке в Сомали участились междоусобные войны между султанатами и племенами, сопровождавшиеся переселением больших групп жителей, в основном в южные районы.

В начале XIX века в Сомали стали распространяться разные учения мусульманских течений и сект, периодически объявлявших «джихад» соседям.

В 1819 году одна из сект основала теократическое государство Бардера, которое стало воевать против султанатов Геледи, Тунни и Барауэ. В середине XIX века Бардера была разгромлена соседями, но очаги джихада сохранились.

В середине XIX века Занзибар пытался усилить свой контроль над городами Сомали (в 1843 — захватил Могадишо, в 1862 — Мерку), однако эти попытки не увенчались особым успехом.

С 1869 года порты Сомали стал захватывать Египет. Однако к 1885 египтяне ушли из Сомали, не выдержав сопротивления местных правителей.

В 1884—1888 годах Великобритания, Италия и Франция разделили между собой всё побережье Сомали.

Южная часть Сомали (султанаты Миджуртини и Оббия) приняли протекторат Италии. Также на южные районы Сомали претендовали немцы, но англичане этого не допустили. Северное побережье перешло под власть Британии, Джибути — к Франции. Некоторые сомалийские племена во внутренних районах страны признали власть Эфиопии.