География заповедника Общая площадь заповедника 44 175 га, из которых 34 563 га относятся к основной горно-лесной части, а остальные 9612 га к филиалу «Лебяжьи острова». Основная часть заповедника занимает центр Главной гряды Крымских гор, филиал заповедника находится на западе Крымской степной зоны и занимает часть акватории Каркинитского залива Чёрного моря. Площадь горно-лесной части Крымского заповедника образована из участков гор Главной гряды, котловины между горами и склонов Внутренней гряды Крымских гор. Здесь находятся самые высокие горные массивы Крыма — Ялтинская яйла, Гурзуфская яйла, Бабуган-яйла, Чатыр-Даг-яйла с вершинами: Роман-Кош (1545 м), Большая Чучель (1387 м), Чёрная (1311 м). Бо́льшая часть массивов вытянута с юго-запада на северо-восток и имеет куэстовое строение. Большое количество осадков и густой лесной покров обусловили то, что в центральной части заповедника берут начало многие крымские реки — Альма, Кача, Тавельчук, Коссе, Марта, Улу-Узень, Авунда, Дерекойка, Донга. Здесь расположено около 300 горных ключей и родников, среди которых наиболее известный Савлух-Су, благодаря своей целебной, с ионами серебра, воде. Известняковые породы, составляющие бо́льшую часть горных пород на территории заповедника, обусловили широкое распространение карстовых форм рельефа: полостей, колодцев, гротов, шахт и пещер. Общий рельеф основной части заповедника отличается значительными перепадами высот, изрезанностью и неоднородностью.