У алкенов наблюдается изомерия углеродного скелета, присущая всем углеводородам. 
Как у соединений с кратной связью у алкенов есть изомерия положения кратной (а именно двойной) связи.   
Характерный именно для алкенов вид изомерии - цис-транс-изомерия (изомерия положения заместителей относительно двойной связи).
Возможна и межклассовая изомерия - когда одинаковую формулу имеют вещества разных классов органических соединений

Пентен-1  C₅H₁₀

H₂C = CH - CH₂ - CH₂ - CH₃

Изомеры пентена-1  C₅H₁₀:

2-метилбутен-1 (изомерия углеродного скелета)
H₂C = C(CH₃) - CH₂ - CH₃      

пентен-2 (изомерия положения двойной связи)
H₃С - CH = CH - CH₂ - CH₃    

транс-пентен-2 (цис-транс-изомерия), метильный (CH₃ -) и этильный (CH₃-CH₂ - ) заместители (группы) расположены по разные стороны двойной связи.   (C₅H₁₀)

H₃С           H
                /
        С = С
       /        
     H          CH₂ - CH₃

цис-пентен-2 (цис-транс-изомерия), метильный (CH₃ -) и этильный (CH₃CH₂ -) заместители (группы) расположены по одну сторону от двойной связи

H₃С           СH₂ - CH₃
                /
        С = С
       /        
     H          H

циклопентан (межклассовая изомерия)    

H₂С - CH₂
     |     |
H₂С    CH₂
        /
        CH₂

В этом случае изомер относится не к алкенам, а к другому классу углеводородов - циклоалканам. Но во всех случаях у изомеров одна и та же формула C₅H₁₀