ыдающийся русский физик, академик.
Родился в Митаве в семье купца. Кроме него, в семье было еще 15 детей. Многосторонние способности Купфера проявились с детства. Он с упоением читал классическую литературу, изучил французский, немецкий, греческий и английский языки, читал в подлиннике стихи великих итальянских и испанских поэтов. Однако особый интерес у мальчика вызывали естественные науки. Дома у него был небольшой ботанический сад, физическая и химическая лаборатории, в которых он ставил опыты, используя созданные им самим несложные приборы.
Купфер рано остался сиротой. В 14 лет он поступил в Митавскую гимназию, окончив ее, решил заняться медициной. Некоторое время проучившись в Дерптском университете, переехал в Берлин. Увлечение естественными науками брало свое, и в Берлинском университете он сосредоточил свое внимание на минералогии, которой занимался под руководством знаменитого Вейса. Экскурсии в горах Каринтии и в Тироле окончательно привлекли его к этой науке. В 1819 году он путешествовал по Гарцу, затем занимался практической химией у Штромейера в Геттингене и получил здесь в 1821 году степень доктора. Из Геттингена Купфер отправился в Париж, где слушал лекции знаменитого минералога Гаи и приобрел особенное расположение этого ученого; под его руководством он представил в 1823 году в Берлинскую академию научную работу, за которую получил премию; работа эта считается классическим сочинением по кристаллографии, в ней проявилось «чрезвычайное остроумие Купфера в приискании простейших и удобнейших методов для исследования трудных и требующих чрезвычайной точности изучения явлений». 
В том же 1824 году Купфер получил приглашение занять кафедру физики в Казанском университете; по поручению министерства он совершил, поездку по разным учебным центрам Европы, приобретая приборы для физического кабинета, и в 1824 же году явился в Казань. Через три года в 1827 году его избрали членом-корреспондентом АН, а в 1828 году академиком по кафедре минералогии; с избранием в Академию он покинул Казань и переселился в Петербург. 
После переезда в Петербург Купфер написал целый ряд работ по минералогии, кристаллографии и физике, имевших важное научное значение и поставивших его в ряд с первоклассными минералогами того времени. Работы его имели и крупное практическое значение: он принимал деятельнейшее участие в комиссии по установлению точных мер и весов; результаты работ этой комиссии, которые являются вместе с тем главным образом результатами работ Купфера, были узаконены Высочайшим указом в 1835 года. Кроме того, он активно занимался устройством в России метеорологических наблюдений; был директором основанной благодаря его энергии магнитной обсерватории АН; обсерватория эта являлась центральным органом для целой сети метеорологических станций, учрежденных в России. Вместе с Кемцем Купфер основал в Дерпте метеорологический журнал. 
Свою научную деятельность Купфер совмещал с педагогической. В Петербурге он читал лекции в Главном педагогическом институте, в Институте корпуса путей сообщения и в офицерских классах Института горных инженеров.
Умер в Петербурге и похоронен на Смоленском лютеранском кладбище. Гранитный обелиск с мраморным портретным барельефом.
Остров на западе озера Таймыр.