1. Нет никакой разницы. Во времена DOS категории файлов назывались Directory (директория), а с появлением Windows стали называться Folder(папка). Причем, если на дискете создать директорию в DOS, то в Windows она откроется как папка. Физически на диске И папке и категории соответсвует один и тот же флаг.

Вообще папка - это место в которое можно скопировать файлы.

2. Тут тоже все просто. Вот ты записала на диск три файла по 2 килобайта

[11][22][33] - вот так выглядит диск после записи

Затем ты удаляешь второй файл:

[11][__][33] вот остаётся дырка у нас. И следом ты копируешь на диск четвертый файл, объемом 3 килобайта:

[11][44][33][4_] полностью в эту "дырку" файл не влез, поэтому окончание файла записано отдельно. Когда файлы вот так вот разорваны - это называется фрагментацией, и именно так она и появляется. Используются различные алгоритмы, чтобы её предотвратить. Но алгоритмы - это другая задача)

3.Основные этапы загрузки ОС

1. Включаешь компьютер и начинает исполнятmся прошитая в ПЗУ программа BIOS. 

2. BIOS быстро тестирует компьютер

3. BIOS ищет место откуда можно загрузить основную ОС. (Диск, Flash память)

4. BIOS запускает этот найденный загрузчик, и передат ему управление.

5. Загрузчик ОС загружает ядро системы, чтобы иметь в своем распоряжении полезные процедуры,

5. Загрузчик загружает драйверы файловой системы (чтобы понимать где и как читать файлы, необходимые для загрузки системы)

6. Загрузчик загружает остальные драйверы для работы с устройствами компьютера.

7. загрузчик загружает графическую оболочку (если есть) если нет, то командный процессор, для ввода команд.

Всё.

Задавай вопросы, если непонятно