Во времена Среднего царства, Атон «в образе солнечного диска» был одним из воплощений бога солнца Ра. До наступления времён Атонизма об Атоне было мало чего известно. Хотя первые признаки увеличения влиятельности Атона появились ещё при фараоне Аменхотепе III (он называл свою барку «Душа Атона»), всё же Эхнатон был первым фараоном, совершившим религиозную революцию и ряд действий, которые привели к официальному становлению культа Атона и введению единобожия в Египте.
До правления Эхнатона, многие фараоны выбирали для себя одного бога как покровителя царства, который также являлся и высшим богом, но в то же время продолжали поклоняться остальным богам, без малейшей попытки устранения последних. Такая картина наблюдалась во все времена на протяжении всей истории Египта. Во времена Тутмоса IV произошло обособление бога солнца, а в период правления Аменхотепа III был установлен отдельный культ Атона. На сегодняшний день не существует прямых доказательств того, что Аменхотеп III мог пренебречь другими богами, обособляя Атона в ранг исключительного божества.