Кромвель пришел к власти в ходе войны при поддержке созданной им Армии Нового типа и управлял страной в основном единолично, опираясь именно на армию. 
В частности, система управления была реорганизована, страна разделена на 12 военных губернаторств, управляемых генерал-майорами, подчиненными лично Кромвелю. 
Верхняя палата парламента была распущена, учрежден совет из людей преданных Кромвелю, прежде всего - из его соратников по предшествующей войне. 
Выступления против Кромвеля, как и сепаратистские выступления в провинциях (Шотландия, Ирландия) подавлялись военной силой.