За несколько лет до начала восстания мулаты стали требовать уравнивания в правах белого и цветного населения Гаити, особенно после Великой Французской революции. Важную роль в росте самосознания тех немногочисленных гаитян-мулатов, которым удалось получить образование сыграли идеи Просвещения, особенно французского аббата Гийома Томы Рейналя, разоблачавшего жестокость колониального режима.

В 1789—1790 годах богатый плантатор-мулат Венсан Оже побывал в Париже, где истолковал принятые Учредительным собранием Франции законы как дающие равные права белым и богатым мулатам. Вернувшись, Оже потребовал предоставить мулатам избирательное право. Когда губернатор Сан-Доминго отказался удовлетворить эти требования, Оже в начале 1791 года поднял восстание, но был схвачен колониальными властями и казнён. Хотя среди требований Оже и не было отмены рабства, его восстание стало толчком к более масштабному восстанию, в котором основную роль сыграли рабы.

22 августа 1791 года в северной части острова началось восстание рабов, которое вскоре охватило всю колонию. В первые два месяца восставшими рабами было убито 2000 белых и разрушено 280 плантаций.

4 апреля 1792 года во Франции и её колониях было провозглашено равенство всех свободных людей независимо от их цвета кожи, и в Сан-Доминго была послана комиссия, которая пыталась одновременно противостоять местной белой элите и подавить восстание рабов.

Вскоре лидером восставших стал Франсуа Доминик Туссен-Лувертюр. После того, как в феврале 1794 года Национальный конвент провозгласил отмену рабства, французский генерал Этьен Лаво убедил Лувертюра перейти на сторону Франции. Великобритания и Испания, находящиеся в войне с революционной Францией, пытались захватить богатую колонию, но Лувертюр нанёс поражение британским экспедиционным силам в 1798 году и в 1794—1801 годах занял Санто-Доминго — принадлежащую Испании восточную часть острова. Лувертюр также победил уполномоченного французской Директории Габриэля д’Эдувиля, который пытался восстановить рабство (1798 год), и смог подавить восстание мулатов, возглавленное генералами Андре Риго и Александром Петионом.

В июле 1801 года колониальное собрание приняло конституцию, согласно которой Сан-Доминго оставалось владением Франции, но получало автономию, а Туссен-Лувертюр стал пожизненным губернатором. Рабство было окончательно отменено. Наполеон Бонапарт отказался признать конституцию и направил на остров для восстановления власти Франции армию под командованием своего родственника Шарля Леклерка, к которой присоединились мулаты Риго и Петиона. На сторону правительственных войск перешли многие союзники Туссена, в том числе Жан-Жак Дессалин. Туссену была обещана свобода в обмен на присоединение его армии к французской, на что он согласился в мае 1802 года, но был обманут, арестован и доставлен во Францию, где вскоре умер в тюрьме.

Несколько месяцев остров находился под контролем Франции, но когда стало ясно, что французы намереваются восстановить рабство, Петион и Дессалин вновь подняли восстание в октябре 1802 года. В это время началась эпидемия желтой лихорадки, от которой погибли Леклерк (новым командующим стал виконт де Рошамбо) и значительная часть его армии, кроме того, британская блокада лишила французов возможности доставки подкреплений на остров. Наполеон потерял интерес к колониям в Западном полушарии. В результате всего этого армия де Рошамбо оказалась в очень тяжёлом положении и 18 ноября 1803 года потерпела окончательное поражение.