Томас де Торквемада родился в городе Вальядолид, Испания. Приходился племянником кардиналу Хуану де Торквемаде (исп.)русск., который был потомком крещённых евреев. Историк той эпохи Эрнандо дель Пульгар (исп.)русск.пишет о его дяде кардинале Хуане де Торквемада, что «его дед и бабка были из рода обращённых в нашу святую католическую веру». Отец Томaca Торквемады — также носивший имя Хуан, был служителем доминиканского ордена, принимал участие в Констанцском соборе.

Получив богословское образование и отличаясь аскетическими наклонностями, Торквемада поступил вдоминиканский орден, в 1459 году стал приором монастыря Санта-Крус ла Реал, одного из основных монастырей в Сеговии, а потом — духовником кастильской инфанты Изабеллы. Он способствовал её возведению на трон и заключению брака с Фердинандом Арагонским, на которого также оказывал огромное влияние. Благодаря суровому и непреклонному характеру, религиозному энтузиазму и богословской начитанности, подчинил своему влиянию даже папу. В 1478 году, по прошению Фердинанда и Изабеллы, Сикст IV основал в Испании Трибунал священной канцелярии инквизиции, а в 1483 году назначил Торквемаду великим инквизитором.

Главной задачей Торквемады было религиозное и политическое объединение Испании. Для достижения этой цели он реорганизовал и расширил деятельность инквизиции[5]. В 1483 году Торквемада был назначен великим инквизитором Кастилии и Арагона, а в 1486 году — Валенсии и Каталонии. Хронист той эпохи Себастьян де Ольмедо называет его «молотом еретиков, светом Испании, спасителем своей страны, честью своего ордена». Имя Торквемады, как часть «чёрной легенды» Испании, стало нарицательным для обозначения жестокого религиозного фанатика.