Первоначально Мардук был сельским божеством вторичного значения, однако затем он вытеснил и заменил собой у аккадцев культ верховного шумерского бога Энлиля, присвоив себе его атрибуты. Поклонение Мардуку особенно развилось в годы правления Вавилоном Навуходоносора I (ок. 1125 – 1104 до Р. Х.). Аккадский эпос о сотворении мира «Энума элиш», созданный около этого времени, как раз и был написан во славу Мардука. Символами Мардука были дракон Мушхуш, планета Юпитер и число 50.

Вавилонская космогония повествует о победе, одержанной Мардуком в страшной битве над чудовищной богиней Тиамат – воплощением предвечного хаоса и моря. Из тела и головы убитой Тиамат Мардук создал небеса, из её ног и внутренних органов – землю. Из Тиамат поднялись кверху воды, напитавшие облака, а из её слёз разлились реки Тигр и Евфрат. Погиб и сын Тиамат – чудовище Кингу. Из его крови Мардук сотворил первых людей.

Каждый Новый год все боги Вавилоны и Борсиппы «приходили» воздать почтение Мардуку. Это происходило на празднестве Акиту, которое длилось 12 суток в весеннее равноденствие. На девятый день праздника большая процессия следовала по священной дороге. На восьмой и одиннадцатый день богов приносили в храм Мардука. Там они приветствовали его коленопреклонёнными. Вавилоняне верили, что в это время определяются судьбы всего следующего года, которые уже никак нельзя изменить. Если праздник Акиту нельзя было отметить из-за войны или внутренних смут, то это считалось страшным бедствием и особо упоминалось в городских анналах.

Считалось, что Мардук пребывает в главном храме Вавилона, Эсагиле, рядом с которым находился знаменитый зиккуратЭтеменанки, прообраз легендарной Вавилонской башни. Женой Мардука являлась богиня Царпанит, от которой он имел сына – бога мудрости Набу. Родителями самого Мардука, по мифам, были бог Эа (шумерское – Энки) и богиня Дамкина (шум. – Дамгальгуна).