В 1526 году потомок Тимура Бабур, принадлежавший к династии Тимуридов, перешёл через Хайберский перевал и основал Империю Великих Моголов, которая просуществовала более 200 лет[46]. К началу XVII века под контролем династии Моголов оказалась большая часть индийского субконтинента. С начала XVIII века империя стала постепенно приходить в упадок и после Восстания Сипаев 1857 года (также известного как Индийское народное восстание 1857 года) прекратила своё существование. В период правления Моголов на субконтиненте произошли огромные социальные перемены — индусы, составлявшие большинство населения, оказались под правлением мусульманских могольских императоров, некоторые из которых придерживались либеральных взглядов и оказывали покровительство индуистской культуре, тогда как другие наоборот проявляли крайнюю нетерпимость, разрушая храмы и облагая немусульман огромными налогами. В период своего наивысшего расцвета, Империя Великих Моголов занимала территорию, превышавшую по размерам древнюю империю Маурьев. После того, как империя Моголов пришла в упадок, на её месте образовались несколько маленьких царств. Считается, что династия Моголов была богатейшей династией из всех когда-либо существовавших.

В 1739 году, Надир Шах одержал победу над армией Моголов в огромной битве при Карнале. После чего Надир захватил и разграбил Дели, забрав с собой несметные сокровища, включая знаменитый Павлиний трон[47].

В эпоху Империи Великих Моголов, доминирующей политической силой был могольский император и его союзники, а позднее — государства-наследники, включая конфедерацию Маратха, которые сражались с ослабленной династией Моголов.