Через пять дней после окончания войны, в день Страстной пятницы, 14 апреля 1865 года, на спектакле «Наш американский кузен» (в театре Форда) сторонник южан актёр Джон Уилкс Бут проник в президентскую ложу и выстрелил Линкольну в голову. Бут не был занят в спектакле, шедшем в тот день, и вообще ранее играл в театре Форда всего два раза, однако часто там бывал у своих друзей-актёров и хорошо знал как здание, так и репертуар театра. Во время самой смешной сцены комедии он вошёл в ложу президента и выстрелил в него после одной из реплик с тем расчётом, чтобы звук выстрела был заглушён взрывом хохота. Считается, что Бут при этом воскликнул: лат. Sic semper tyrannis! («Такова участь тиранов», девиз одного из южных штатов, Виргинии). В возникшей суматохе Буту удалось скрыться. Тем временем смертельно раненого Линкольна перенесли из театра в дом, расположенный напротив. На следующее утро, в 7 часов 22 минуты 15 апреля 1865 года, Авраам Линкольн скончался.

26 апреля 1865 года Бут был настигнут полицией в штате Виргиния в амбаре. Амбар подожгли, Бут вышел, вооружённый револьвером, и в этот момент был смертельно ранен в шею Бостоном Корбеттом. Последние слова, которые были сказаны Джоном Бутом: «Передайте моей матери, что я умер, сражаясь за свою страну».