Основные отличия:
1. У протестантов источник веры- Библия. Единственный. У католиков же - жития святых также относятся к источнику веры.
2.Доступ к Библии. Каждый человек должен читать Библию сам ,у католиков мирянам читает Библию мог только священник. 
3.Переводы Библии на различные языки. Протестанты молятся на родном языке. У католиков - Библия нникак может быть переведена и молиться они могут только на латыни. 
4. У протестантов священник -  организатор общины. Протестанты сами выбирают себе священника (можно женщину). У католиков и православных священник-носитель  духа, принимающий таинство. Передача святого духа производится путем наложения рук.  
5. У протестантов нет обета безбрачия и нет иерархии.
6. У протестантов считается, что Бог создал людей для того, чтобы они учились, размножались и стремились к успеху.Это значит, что монастырей быть не должно. У католиков уход в монастырь - высшее проявление веры.
7.Протестанты считают, что человека надо судить по его мыслям, а это может делать только Бог, следовательно все мы равны и нет святых.У православных и католиков много святых и они считают, что человека можно судить по его делам
8. У протестантов нет икон. Католики канонизируют лики святых.
9. У протестантов храм очень простой. В нем могут совершаться любые дела, которые интересны верующим.
10. Протестанты таинств не признают. Верующим человек делает его следование Десяти Заповедям и безгреховные помыслы. Можно разводиться, в отличие от католиков.
11, У католиков – культ Девы Марии, которого нет в других христианских коняессиях