С самого начала присоединения Сибири и вхождения ее народов в состав России в архивах центральных правительственных учреждений и воеводских канцелярий стал накапливаться огромный документальный материал, отразивший и запечатлевший ход этого процесса: административная переписка, «распросные речи», «скаски» и «отписки» служилых людей, описания походов, путешествий, дипломатических и административных поездок. Эти материалы в дальнейшем послужили историкам для воссоздания истории присоединения, изучения и освоения Сибири, истории русских географических открытий на северо-востоке Азии.

Уже в XVII веке проявился живейший интерес русских людей к начальному периоду истории присоединения Сибири, стремление осмыслить значение этого события. Появляются летописные исторические сочинения о «сибирском взятии» (Есиповская, Кунгурская, Строгановская летописи), в которых выдвигались принципиально различные концепции похода Ермака, давались различные толкования и оценки описываемым событиям. Завершением этого «летописного» периода явилась «История Сибирская» С. У. Ремезова, созданная в самом конце XVII века.

Значительно продвинулось вперед изучение Сибири, в том числе и ее истории, в следующем, XVIII столетии, что явилось результатом работ многих экспедиций, в состав которых входили специалисты-ученые по разным отраслям знания. Особенно следует отметить заслуги Г. Миллера, участника второй экспедиции В. Беринга. Его задачей был сбор материалов по истории присоединения Сибири и населявших ее народов. За десять лет, с 1733 по 1743 год, Г. Миллер объездил всю Сибирь, обследовал и описал более 20 архивов, скопировал массу ценных документов, многие из которых не дошли до нас. Он одним из первых начал собирать фольклор сибирских народов, а также лингвистический, археологический и этнографический материал. На основе этого обширного материала им была создана фундаментальная многотомная «История Сибири», первый том которой, доведенный до 1617 года, вышел в свет в 1750 году. Это сочинение не потеряло своего значения до наших дней.

Большой интерес к изучению Сибири, ее истории, экономики, жизни населения проявил А. Н. Радищев, сосланный в Сибирь и проживший здесь с 1790 по 1797 год. В числе «сибирских» произведений А. Н. Радищева, написанных им в ссылке, — «Описание Тобольского наместничества», «Письмо о китайском торге», «Записки путешествия в Сибирь», «Дневник путешествия из Сибири», «Ангел тьмы» (отрывок из поэмы «Ермак»). Одно из них — «Сокращенное повествование о приобретении Сибири». При написании этого сочинения А. Н. Радищев использовал богатый фактический материал, содержащийся в первом томе «Истории Сибири» Г. Миллера. По это не значит, что «Сокращенное повествование...» является просто кратким изложением содержания книги Г. Миллера. Непримиримый противник «самодержавства», этого «наипротивнейшего человеческому естеству состояния», Радищев не мог воспринять его концепцию, в которой основная роль в процессе присоединения Сибири отводилась государственной власти, утверждалась плодотворность самодержавного начала и действий правительственной администрации, прославлялись успехи экспансии феодального государства. В противовес этой официозной концепции Радищев выдвинул новое, демократическое объяснение процесса присоединения Сибири, связав его с вольнонародной колонизацией и подчеркнув роль народных масс в этом событии. Основной движущей силой этого процесса ни считал но самодержавную власть, а русский парод, «к величию я слано рожденный», способный «на соискание всего того, что сделать может блаженство общественное». Он выступал против национального гнета, возбуждающего «ненависти народные, которые и по совершенном покорении слабейшего не исчезают». При этом он особо подчеркивал значение установившегося добровольного соглашения между отрядами Ермака и русскими поселенцами, с одной стороны, и сибирскими народами — с другой, уделял большое внимание внутреннему развитию самих сибирских народов. Эти взгляды А. Н. Радищева на историю Сибири получили дальнейшее развитие в передовой русской исторической мысли последующего времени и в советской исторической науке.