В религиозных воззрениях Пейн был последователем английских деистов; целью его было поколебать, как он выражался, библейскую и христианскую мифологию. В 1795 году Пейн издал небольшой трактат, в котором резюмировал свои политические убеждения.В 1797 году он основал, в противовес обществу атеистов, теофилантропический кружок, в заседаниях которого излагал основы своей, очищенной от суеверий, религии.Пейн был типическим представителем как политического, так и религиозного рационализма. Он был самоучкой, многого не знал и потому нередко говорил наивности, которые живо подхватывались его врагами. Несомненно, однако, что он отличался здравым смыслом, сильной логикой и замечательной ясностью изложения. Это был народный трибун в полном смысле этого слова, не только потому, что умел говорить языком понятным народу, но и потому, что руководящей идеей его жизни было служение народу. К известному выражению Франклина: «Мое отечество там, где свобода», Пейн сделал такую поправку: «Мое отечество там, где нет свободы, но где люди бьются, чтоб добыть её».Анализируя формы государства, Пейн различал «старые» (монархические) и «новые» (республиканские) формы. В основу этой классификации были положены принципы образования правления — наследование или выборность. Правление, основанное на передаче власти по наследству, он называл «самым несправедливым и несовершенным из всех систем правления». Не имея под собой никакой правовой основы, утверждал Пейн, такая власть неизбежно является тиранической, узурпирующей народный суверенитет. абсолютные монархии «являются позором для человеческой природы».