Год рождения Тэмуджина остаётся до конца не выясненным, так как основные источники указывают на разные даты. По данным единственного прижизненного Чингисхану источника Мэн-да бэй-лу(1221) и согласно расчётам Рашид ад-Дина, сделанным им на основании подлинных документов из архивов монгольских ханов, Тэмуджин родился в1155 году. «История династии Юань» не даёт точной даты рождения, а только лишь называет длительность жизни Чингисхана как «66 лет» (с учётом условного года внутриутробной жизни, учитываемого в китайской и монгольской традиции счёта продолжительности жизни, и с учётом того, что «начисление» очередного года жизни происходило одновременно у всех монголов с празднованием Восточного нового года, то есть реально скорее около 69 лет), что при отсчёте от известной даты его смерти и даёт в качестве даты рождения 1162 год. Однако, эта дата не подкрепляется более ранними аутентичными документами из монголо-китайской канцелярии XIII века. Ряд учёных (например, П. Пеллио илиГ. В. Вернадский) указывает на 1167 год, но эта дата остаётся наиболее уязвимой для критики гипотезой. Новорожденный, как утверждают, сжимал в ладони сгусток крови, что предвещало ему славное будущее властелина мира.

Когда сыну было 9 лет, Есугей-багатур сосватал его Борте, 11-летней девочке из рода унгират. Оставив сына в семье невесты до совершеннолетия, чтобы лучше узнали друг друга, он уехал домой. Согласно «Сокровенному сказанию», на обратном пути Есугэй задержался на стоянке татар, где был отравлен. По возвращении в родной улус, он заболел и через три дня умер.

После смерти отца Тэмуджина его приверженцы покинули вдов (у Есугея было 2 жены) и детей Есугея (Темуджина и его братьев Хасара, Хачиуна, Тэмугэ и от второй его жены — Бектера и Бельгутая): глава клана тайчиутов выгнал семью с насиженных мест, угнав весь принадлежавший ей скот. Несколько лет вдовы с детьми жили в полной нищете, скитались в степях, питаясь кореньями, дичью и рыбой. Даже летом семья жила впроголодь, делая запасы на зиму.

Вождь тайчиутов, Таргутай-Кирилтух (дальний родственник Тэмуджина), объявивший себя властелином земель, когда-то занятых Есугеем, опасаясь мести подрастающего соперника, стал преследовать Тэмуджина. Однажды вооруженный отряд напал на стойбище семьи Есугея. Тэмуджину удалось было бежать, но он был настигнут и взят в плен. На него надели колодку — две деревянные доски с отверстием для шеи, которые стягивались между собой. Колодка была мучительным наказанием: человек не имел возможности сам ни поесть, ни попить, ни даже согнать муху, севшую ему на лицо.

Как-то ночью он нашёл способ ускользнуть и спрятаться в маленьком озере, погружаясь вместе с колодкой в воду и выставляя из воды одни ноздри. Тайчиуты искали его в этом месте, однако не смогли обнаружить. Его заметил батрак из племени сулдус Сорган-Шира, который был среди них, но который не выдал Тэмуджина. Он несколько раз проходил мимо сбежавшего пленника, успокаивая его и для других делая вид, что разыскивает его. Когда ночные поиски закончились, Тэмуджин вылез из воды и пошёл к жилищу Сорган-Шира, надеясь на то, что тот, спася раз, поможет и ещё. Однако Сорган-Шира не захотел его укрывать и уже собирался прогнать Тэмуджина прочь, как вдруг сыновья Соргана заступились за беглеца, которого потом спрятали в телеге с шерстью. Когда появилась возможность отправить Тэмуджина домой, Сорган-Шира посадил его на кобылицу, снабдил оружием и проводил в путь (впоследствии Чилаун, сын Сорган-Шира, стал одним из четырёх нукеров Чингисхана). Через некоторое время Тэмуджин нашёл свою семью. Борджигины сразу же перекочевали на другое место, и тайчиуты не смогли их обнаружить. В возрасте 11 лет Тэмуджин подружился со своим ровесником знатного происхождения из племени джадаран (джаджират) — Джамухой, который позднее стал вождём этого племени. С ним в своём детстве Темуджин дважды становился побратимом (андой).

Несколькими годами позднее Тэмуджин женился на своей наречённой Борте (к этому времени в услужении у Тэмуджина появляется Боорчу, также вошедший в четверку приближенных нукеров). Приданым Борте стала роскошная соболья шуба. Тэмуджин вскоре направился к самому могущественному из тогдашних степных вождей — Тоорилу, хану племени кереитов. Тоорил был побратимом (андой) отца Тэмуджина, и ему удалось заручиться поддержкой вождя кереитов, напомнив об этой дружбе и поднеся соболью шубу Бортэ. По возвращении Тэмуджина от Тогорил-хана, один старик-монгол отдал ему в услужение своего сына Джелме, ставшего одним .