Когда в 1591 г. в стране начиналась Смута, названная современниками «великим разорением», Борис настаивал на необходимости «замирения» с соседними странами. Это не помешало ему принять личное участие в походе против крымского хана Казы-Гирея. Его Годунов разбил близко от Кремля, на месте, где ныне стоит Донской монастырь. В том же 1591 г. он получил за эти свои подвиги высший боярский чин слуги и право именоваться «начальным человеком в земле русской, ему приказанной». В 1598 г. Борис помазан на царство.Призывы к «замирению» вполне согласовывались в его планах с войной с ослабевшей на время Швецией. Едва в 1590 г. закончилось Плюсское перемирие 1583 г., началась война. Ее итоги закрепил в 1595 г. Тявзинский мир, по которому, хотя Россия и не получила выхода к Балтике, но вернула себе утраченные ранее Корелу, Орешек, Ивангород, Ям, Копорье и Кольский полуостров. Потери годуновского войска, особенно под Нарвой, были значительны, так что сразу после сражений «начальный человек» распорядился строить новые крепости на южных рубежах (Воронеж, Ливны, Елец, Белгород) и на востоке (Березов, Нарым), позволившие ускорить освоение Сибири. В этих распоряжениях проявился государственный ум Годунова, стремившегося быстро пополнить казну и не допустить дальнейшего «разорения». На рубеже 16–17 вв. укрепились русские позиции на Северном Кавказе, в Закавказье, Заволжье, возросла внешняя торговля (через Архангельск и по Волге).Спустя несколько месяцев был организован победный въезд в Москву русского войска, привезшего из Сибири плененного хана Кучума с семьей – символ триумфа политики «прирастания» земель при Годунове на Востоке.Новый царь способствовал сближению России с Западом, в 1601 г. заключил 20-летнее перемирие с Речью Посполитой, звал на службу иноземцев, освобождал их от налогов, пытался выписать из Германии, Англии, Испании, Франции и других стран ученых, чтобы учредить в Москве высшую школу, где бы преподавались языки, но этому воспротивилась церковь.