Цинское правительство Китая с тревогой наблюдало за быстрым распространением русского влияния на Амуре и предпринимало энергичные меры для его ликвидации. Еще в 1644 г. центральный Китай был завоеван маньчжурами, которые основали свою династию Цинь до 1911 г.. Занимая все новые земли за пределами своих официальных границ на Северо-Востоке, цинская империя создавала там административные центры и буферную зону, ограждающую страну от внешнего мира. Появление русских поселений на берегах Амура она расценила как угрозу своему господству на Амуре.

Хотя Приамурье никогда не входило в состав Китайской империи, циньское руководство стремилось вытеснить Россию из этого региона. Сюда направляются маньчжурские войска. В 1652 г. у стен Ачанского городка, где располагался тогда отряд Е. Хабарова, произошло первое крупное сражение. В нем русские одержали победу; маньчжуры были разгромлены, а казаки в качестве военных трофеев получили 2 пушки, 18 ружей, 8 знамен, продовольствие и снаряжение

Однако это поражение не остановило циньское правительство. В 1656 г маньчжуры сосредоточили против русских на Амуре значительные вооруженные силы. После длительной осады были взяты и разрушены Албазинский и Кумарский городки, другие поселения. Край пришел в запустение, негде было покупать хлеб и не с кого было брать ясак. Но как только ушли маньчжурские войска, Амур вновь стал заселяться казаками, беглыми крестьянами. Возродился из пепла Албазин, возникали новые поселения на Зее и в других местах. Расширялась пашня, развивалось животноводство. Амурские поселенцы не только себя снабжали хлебом, но и излишки продавали в Забайкалье.

Россия не раз пыталась установить добрососедские отношения с Китаем. Но ни миссия Ф.Байкова (1654-1658 гг.), ни миссия И.Перфильева и С.Аблина(1658-1662 гг.) не увенчались успехом. Ф. Байков был встречен в Китае недружелюбно из-за столкновения русских купцов с маньчжурами на Амуре 4 сентября 1656 г. Ему было предложено покинуть Пекин, куда он прибыл с официальной миссией. Первое официальное русское посольство окончилось неудачей. Весной 1658 г. в Китай с торговым караваном было направлено посольство И. Перфильева и С. Аблина, которое не получило аудиенцию у императора, но торговля в Китае каравану была разрешена. Для урегулирования положения на Амуре и нормализации русско-китайских отношений в феврале 1675 г. в Китай было направлено новое посольство во главе с Н. Спафарием. Переговоры длились с мая по сентябрь 1675 г. На все предложения об установлении нормальных политических и торговых отношений циньское правительство отвечало отказом. Цинское правительство не только отвергало предложения об установлении дружеских отношений и развитии торговли, но и приступило к враждебным действиям. Главной опорной базой маньчжурской агрессии в Приамурье стал Шеньян (Мукден). В 1674 г. на берегу р. Сунгари был создан опорный пункт - город Гирин, а в 1683 г. - Айхунь (Айгунь) против устья р. Зея. Создается Хэйлунцзянское наместничество.

С 1683 г. началось вторжение маньчжурских войск на правобережье Амура против Албазинского воеводства. Приказ - вытеснить русских с р. Зея, захватить Албазин и Нерчинск. Первыми подверглись нападению зейские острожки. Все они были уничтожены, две тяжелейшие осады обрушились на Албазинскую крепость.

Для штурма Албазина была создана специальная группа В мае 1658 г. циньская армия подошла к Албазину (до 5 тыс, человек). В городе было 450 служилых людей, крестьян и купцов. Маньчжуры предложили сдать крепость без боя, но ответа не получили. Штурм длился несколько дней. Видя, что штурмом острог не взять, противник решил его сжечь. Защитники Албазина вынуждены были начать переговоры с нападавшими и получили право оставить крепость и уйти в Нерчинск. Это произошло 5 июля 1685 г

К началу 1686 г. Албазин начал восстанавливаться. Об этом стало известно в Китае. 17 июня 1686 г. маньчжурская армия (8 тыс, пехоты, З тыс. конницы) вновь подошла к Албазину. Началась его вторая осада. До ноября 1686 г. продолжалось сопротивление защитников крепости. Была послана в Пекин русская миссия Н. Венюкова и И. Фаворина. В ходе переговоров было достигнуто соглашение о прекращении осады Албазина и отводе циньских войск с русской территории. Русские обязались не выходить на Амур для сбора ясака с местного населёния. Упорное сопротивление русских на Амуре, а также события внутри империи заставили цинское правительство согласиться с предложением русского правительства о дипломатическом решении пограничного вопроса в Приамурье. Переговоры решено было проводить по взаимной договоренности в Забайкалье в городе Нерчинске.