Подписание и ратификация Конкордата имели огромное значение как для католической церкви, так и для Наполеона. Фактически документ определил взаимоотношения между католической церковью и Францией на столетие. Несмотря на то, что церковная деятельность попадала под контроль светской власти, Папа получил право утверждать епископов и фактическое возвращение Франции в лоно церкви. Уступив во второстепенных вопросах, Пий VII сохранил единство церкви. Конкордат усилил популярность Первого консула, выбив из рук роялистов такое обвинение, как игнорирование церкви и при этом, Наполеона получал контроль над духовенством на законных основаниях. Конкордат был хорошо принят обществом, однако, часть епископов не приняли соглашение и отказались подписывать прошение об отставке, как это было предусмотрено второй статьей Конкордата. Оппозиция особенно была сильна в Вандее, Пуату, Шаролэ, Нижней Нормандии и Бельгии. Подобный раскол продолжался ещё долгое время и был преодолен только в 1893 году папой Львом XIII.