Мохенджо-Даро, по-видимому, не угасал как культурный центр постепенно, его конец наступил по историческим меркам почти мгновенно. Существуют различные теории относительно причин, по которым это произошло. По версии ряда исследователей, самым известным из которых был английский археолог М. Уилер, обитатели Мохенджо-Даро подверглись истреблению во время нашествия ариев. Эти версии связываются с отрывками из «Ригведы», где фигурирует разрушение Индрой и его божественным огнём крепостей противников ариев. Однако с этой гипотезой плохо согласуется тот факт, что почти за десятилетие раскопок на обширной территории Мохенджо-Даро было найдено менее сорока скелетов, причём часть из них, по-видимому, относятся к эпохам, когда великий город был уже заброшен. Если захватчики-арии брали его с боем, останков погибших должно было быть намного больше.