1781—1794 годы — Английский дворец в Петергофе (разрушен в 1942)

1783—1784 годы — усадьба «Кирьяново», дача Е. Р. Дашковой — пр. Стачек, 45;

1782—1784 годы — Смоленская церковь в Пулкове (разрушена в 1944)

1782—1788 годы — концертный зал в Царском Селе

1783—1785 годы — Академия наук — Университетская набережная, 5

1783—1787 годы — Эрмитажный театр — Дворцовая набережная, 32

1783—1799 годы — Ассигнационный банк — Садовая улица, 21

1788 — Дом Салтыкова — Дворцовая набережная, 4

1789—1793 годы — дворец Юсуповых на Садовой улице — Садовая улица, 50-а

1790-е годы — Малый гостиный двор — улица Ломоносова, 2

1792—1796 годы — Александровский дворец в Царском Селе

1798—1800 годы — Доходный дом Жеребцовой — Дворцовая набережная, 10

1798—1800 годы — Мальтийская капелла — входит в архитектурный комплекс Воронцовского дворца, пристроена к главному корпусу дворца со стороны сада

1800—1801 годы — Павловский дворец: жилые покои императрицы Марии Федоровны

1804—1807 годы — Екатерининский институт — набережная реки Фонтанки, 36

1804—1807 годы — Конногвардейский манеж — улица Якубовича, 1

1806—1808 годы — Смольный институт — Смольный проезд, 1

1814 год — деревянные Нарвские триумфальные ворота (позднее перестроены в камне и металле В. П. Стасовым)

Помимо пулковской, Кваренги иногда приписывают сходные по своему облику церкви Вознесенская в Фёдоровском посаде и Преображенская в Московской Славянке.