По инициативе Годунова началось строительство крепостей в Диком поле — степной окраине Руси. В 1585 году была построена крепость Воронеж, в 1586 — Ливны. В 1592 году был восстановлен город Елец. На Донце в 1596 году был построен город Белгород, южнее в 1600 году был выстроен Царёв-Борисов. Для обеспечения безопасности водного пути от Казани до Астрахани строились города на Волге — Самара (1586), Царицын (1589), Саратов (1590). Началось заселение и освоение опустевших во время ига земель к югу от Рязани (территория нынешней Липецкой области). В Сибири в 1604 году был заложен город Томск. 
В период с 1596 по 1602 годы было построено одно из самых грандиозных архитектурных сооружений допетровской Руси — Смоленская крепостная стена, которую впоследствии стали называть «каменным ожерельем Земли русской». Крепость была построена по инициативе Годунова для защиты западных рубежей России от Польши. 
При нём в жизнь Москвы вошли неслыханные новшества, например, в Кремле был сооружён водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки по подземелью на Конюшенный двор. Строились и новые крепостные укрепления. В 1584-91 годах под руководством зодчего Федора Савельева по прозвищу Конь были возведены стены Белого города протяженностью 9 км (они опоясали район, заключенный внутри современного Бульварного кольца). Стены и 29 башен Белого города были сложены из известняка, обложены кирпичом и оштукатурены. В 1592 году на месте современного Садового кольца была построена еще одна линия укреплений, деревянно-земляная, прозванная за быстроту постройки «Скородомом».