Сәкен Жүнісов бірыңғай жазушылықпен айналысқан. Жарты ғасырға таяу шығармашылық өмірінде қазақ әдебиетін өркендетуге өлшеусіз үлес қосты. "Ақан сері" дилогиясы, "Жапандағы жалғыз үй", "Заманай мен Аманай" романдары қалың оқырман қауымнан да, әдеби сыннан да жоғары баға алды. "Ажар мен ажал", "Тұтқындар", "Қызым, саған айтам", "Жаралы гүлдер", "Қос анар" тағы басқа пьесалары Республика театрларында қойылды. "Өліара" пьесасына 1986 жылы Қазақстан Республикасының Мемлекеттік сыйлығы берілді.

Балаларға арналған "Сонарда" деп аталатын алғашқы кітапшасы 1959 жылы шықты. Бұдан соң, 1961 жылы жас жеткіншектер үшін "Әжем мен емші және дәрігер", 1962 жылы "Кімнің мекені жақсы?", 1983 жылы "Сақау бәтеңке" сияқты т.б. кітаптары жарық көрді. "Өшпейтін іздер" повесін, 1965 жылы "Жапандағы жалғыз үй" романын жазып, орыс тіліне 1968 жылы аударылған. "Ақан сері" дилогиясының бірінші кітабы 1971 жылы жарық көрсе, 1977 жылы екінші кітабы оқырмандарына жол тартты, ал 1979 жылы орыс тіліне аударылды. 1987 жылы "Заманай мен Аманай" повесін жазды.

Көптеген шығармалары шет тілдерге аударылған. Л.Н.Толстойдың, С.Цвейгтің бірқатар әңгімелерін, О.Т.Гончардың "Перекоп", "Көкадыр" романдарын қазақ тіліне аударған.

Сәкен Жүнісов прозаик, драматург, публицист, әдебиет сыншысы, қоғам қайраткері ретінде туған әдебиетінің өте маңызды кезеңдерін бейнелеген сүбелі шығармалар берген, халық өмірінің көркем шежіресі секілді сыр шертеді. Ол – ел-жұртына кеңінен танылған, халықтың  сері азаматы, қадірменді ұлы, шын мәніндегі халық жазушысы. Оның қаламынан шыққан әрбір еңбегі үнемі халықтың жүрегіне жол тауып, рухани асыл қазынасына айналып отыр. Ол әдебиет пен өнер шеберлерінің ішіндегі аса дарындыларының бірі екені сөзсіз.

Кезінде белгілі жазушы Рамазан Тоқтаров Сәкен серінің 60-жылдық тойында шымыр да ширақ, олпы-солпысыз жинақы, ең бастысы ірі қаламгер қақында қапысыз қамтылған шүбәсіз шынайы адал сөзін арнай келе, Сәкен Жүнісов туралы ойын былай қорытындылаған екен: «Жазушы халық арасында жүргенде, ол дүние алақанында, ал, жазу столында отырып өзімен-өзі жапа-жалғыз қалғанда,  дүние – оның алақанында» .

Қытайға ауған қаймана қазақ жұртының жетім жыртыстай жыртылып кеткен қаралы тобының тағдыр-талайын көшке ілесіп кеткен қаламгерлердің жазғанын жақсы білеміз. Ал ата-жұртта отырып, осы тақырыпқа арналған "Заманай мен Аманай" тәрізді классикалық туындыны берген қаламгерді көрген де, естіген де емеспіз. Бұл да Сәкен Жүнісовтің ғана қолынан келген сүйсіндірер сәттілік болды