Зайсан көлі - Қазақстанның көлдерінің Оңтүстік Алтай және Сауыр, Тарбағатай жоталары арасындағы тектоникалық ойыста жатқан тұщы көл. Көл теңіз деңгейінен 395 м биіктікте. Жағалауы жайпақ. Тектоникалық бөген көлдер типіне жатады.

Суының минералдануы 100 мг/л-ден артпайды, түсі көкшіл, мөлдірлігі 1,3 м. Химиялық құрамы жағынан хлоролы-натрийлі. Жоғарғы деңгейі мамыр айының мен маусым айының бас кезінде, төменгісі қыста байқалады. Қараша - сәуір айларында мұз құрсанып жатады..

Зайсанға Қара Ертіс, Көкпекті, Жарма, Кендірлік өзендері құяды да, Ертіс (Ақ Ертіс) ағып шығады. Өзеннің жалғасы көл табанындағы ені 2 км, тереңдігі 10 м-ге дейін баратын ұзынша ор түрінде байқалады. Су режимі Қара Ертіспен байланысты.

Жазда таудағы қар ерігенде көл деңгейі көтеріледі. Қыста төмендейді. Су деңгейінің маусымдық ауытқуы 1 – 2,5 м. Ең төмен деңгейі сәуірдің басында байқалады. Ертістегі Бұқтырма СЭС-і салынғанға дейін көл айдынының аумағы 1788 км2, ұзындығы 111 км, ені 30 км, орташа тереңдігі 4 – 6 м (ең терең жері 10 м) болатын. Бөгет салынғаннан кейін көл Бұқтырма бөгеніне қосылып кетті. Көлемі артып, жаға сызығының пішіні өзгерді. Соңғы жылдары көлге құятын Қара Ертіс өзенінің суын Қытайда шамадан тыс пайдалану салдарынан Бұқтырма бөгенінің деңгейі төмендеп, аумағы кішіреюде. Қосылатын су мөлшері бұдан әрі азая берсе, Зайсан көлі бөгеннен оқшауланып, бұрынғы табиғи қалпына қайтып оралуы мүмкін.

Бүгінгі күні Зайсан көлінің ихтиофаунасы 21 түрден тұрады, оның ішінде 16 түрі байырғы немесе жергілікті балықтар болса, 5 түрі жерсіндірілгендердің қатарына жатады, яғни ол 24% құрайды. Әсіресе, бекіре, ақбалық, таймень, көксерке, табан, аққайран, сазан, т.б. көптеп ауланады. Табан, көксерке, алабұға, торта балықтарының таралу аумағы өте кең болып, көлдің барлық акваториясына жайылған, ал шортан көбінесе балық аулауға тыйым салынған жерлерде көп шоғырланған. Аққайран мен мөңке балықтарының бірнеше түрі шөптесін сияқты биотоптарда көбінесе өзендер шығанақтары мен жағалауларында кездеседі. Ал саны жағынан аз, сазан, қарабалық, нәлім сияқты балық түрлері сирек кездеседі. Бүгінгі күні жемдік қорға көлдегі табан балығы басымдылығының біраз азаюы салдарынан сазан, қарабалық, нәлім сияқты бағалы балықтар үшін өз санын көбейтуге мүмкіншіліктер туып отыр. Кәсіптік мәні жағынан төмен таутан мен торта балықтары саны жағынан көп емес. Көл маңында бірнеше балық кәсіпшілігімен айналысатын ауылдар (артельдер) бар. Суына ондатр жерсіндірілген. Көл айдыны кеме қатынасына пайдаланылады.