Сюжет рассказа «Микроскоп» кажется сперва смешным анекдотом. Герой его, простой столяр Андрей Ерин, покупает микроскоп, который достается ему дорого: сперва он говорит жене, что потерял деньги, и, выдержав атаку вооруженной сковородником женщины, работает сверхурочно целый месяц; затем приносит в дом микроскоп, сказав, что это премия за ударный труд. Принеся микроскоп, он начинает изучать все: воду, суп, пот - и всюду находит микробов. Его старший сын-пятиклассник увлеченно занимается «исследованиями» вместе с отцом, и даже жена проникается к нему некоторым уважением («Будешь, дорогуша, с ученым спать... » - говорит ей герой, внезапно из придавленного агрессивной супругой безгласного «подкаблучника» превращающийся в «крикливого хозяина» в доме, а «Зое Ериной ...лестно было, что по селу говорят про ее мужа -ученый») .
Желая найти какое-нибудь универсальное средство, чтобы спасти мир от микробов, этот малограмотный рабочий мужик проводит свое свободное время не за бутылкой, а за микроскопом вместе с сыном, и оба они абсолютно счастливы. Внезапно жена узнает правду о происхождении микроскопа. Во избежание очередного столкновения со сковородником, герой убегает на ночь из дома, а вернувшись, узнает от сына, что жена отправилась в город продавать микроскоп в комиссионный магазин, чтобы купить шубки младшим детям. Конечно, герой понимает, что это гораздо разумнее.. . Но что-то случилось с его душой. «Продаст. Да.. . Шубки надо. Ну ладно - шубки, ладно. Ниче-го.. . Надо, конечно... » - таким неубедительным самовнушением героя заканчивается рассказ, сюжет и герой которого уже не кажутся забавными.
"Микроскоп" – произведение о вечных проблемах поиска смысла жизни и о трудностях пути непонятого человека, выступающего в роли пророка. Этот рассказ можно считать философским. А тот факт, что он аллегоричен, содержит поучение, позволяет увидеть в прозе Шукшина ещё один вид рассказа – рассказ-притчу. В философскую плоскость его выводят предметные образы (деньги, микроскоп, водка) , моделирующие человеческий мир, создающие ощущение "размененной на пятаки", растраченной жизни.