Иностранные посольства располагались не в столице, а в Тавризе, при дворе принца Аббаса-Мирзы, но вскоре по прибытии в Персию миссия отправилась представляться Фетх Али-шаху в Тегеран. Во время этого визита Грибоедов погиб: 30 января (11 февраля) 1829 года (6 шаабана 1244 года хиджры) толпа религиозных фанатиков разгромила русскую дипломатическую миссию, и все её члены были убиты, кроме секретаря Мальцова. Толпа ворвалась в дом, грабя и разрушая все вокруг. Грибоедов, как считается, выбежал с саблей и получил удар камнем по голове, затем закидан камнями и изрублен. Обстоятельства погрома русской миссии описываются по-разному, однако Мальцов был очевидцем событий, и он не упоминает о гибели Грибоедова, только пишет, что человек 15 оборонялись у дверей комнаты посланника. Мальцов пишет, что было убито 37 человек в посольстве (все, кроме него одного) и 19 тегеранских жителей. Риза-Кули пишет, что был убит Грибоедов с 37-ю товарищами, а из толпы было убито 80 человек. Его тело было настолько изуродовано, что его опознали только по следу на кисти левой руки, полученному в знаменитой дуэли с Якубовичем. Тело Грибоедова доставлено в Тифлис и погребено на горе Мтацминда в гроте при церкви Святого Давида. 
Улаживать дипломатический скандал персидский шах послал в Петербург своего сына. В возмещение пролитой крови он привез Николаю I богатые дары, в их числе был алмаз «Шах». Некогда этот великолепный алмаз, обрамлённый множеством рубинов и изумрудов, украшал трон Великих Моголов. Теперь он сияет в коллекции Алмазного фонда московского Кремля. На могиле вдова Нина Чавчавадзе поставила ему памятник с надписью: