Во вступлении автор рассказывает о любимых игрушках своего детства, к которым относились резиновый крокодил по имени Гена, пластмассовая кукла Галя и плюшевый зверёк со странным названием Чебурашка. Они стали и главными героями повести.

Чебурашка жил в густом тропическом лесу. Однажды он нашёл ящик апельсинов, забрался в него и так оказался в другой стране, куда апельсины привезли на продажу. Он стал работать в магазине уценённых товаров и жить в телефонной будке рядом с магазином. В том же городе жил крокодил Гена, который работал в зоопарке крокодилом, а жил в отдельной квартире. Он страдал от одиночества и однажды развесил в городе объявление с предложением дружбы. На объявление откликнулась девочка Галя, а вскоре пришёл и Чебурашка. Все трое стали дружить и встречаться в гостях у Гены, а один раз Гена даже заменил больную Галю в театре, где она должна была играть роль Красной Шапочки.

К Гене стали приходить и другие посетители в поисках друзей, поэтому Гена, Чебурашка и Галя решили построить Дом Дружбы, где каждый смог бы найти себе друга. В строительстве им помогали двоечник Дима, жирафа Анюта, обезьянка Мария Францевна и отличница Маруся. А вредная старуха Шапокляк с ручной крысой Лариской мешала строителям — она любила делать злые дела и, узнав о Доме Дружбы, объявила друзьям войну. На Дом Дружбы она хотела навести носорога из зоопарка и выпустила его из клетки, в результате чего в конце концов досталось ей самой, а не домику. Пришлось Чебурашке ловить носорога, заманивая его в узкий проулок.

Наконец Дом Дружбы был готов. Его раскрасили в разные цвета, а Чебурашка произнёс речь. И хотя за время строительства Дима подружился с Марусей, а Анюта с Марьей Францевной, в доме решили устроить клуб и приходить сюда по вечерам играть и видеться друг с другом. Чебурашка устроился работать игрушкой в детском саду. А старуху Шапокляк с крысой отправили на воздушных шариках подальше от города.