Трагедия, написанная в декабре 1824 — ноябре 1825 г. в Михайловском, стала не только первым завершенным драматургическим произведением Пушкина, но и его первым опытом масштабного художественного осмысления исторического прошлого России. Работа начинается с конспектирования отдельных мест Х тома «Истории Государства Российского». Положение записей в книге позволяет отнести их к середине - второй половине ноября 1824 года. 
Особенность характера работы Пушкина над «Борисом Годуновым» состояла в том, что отдельные сцены создавались путём непосредственного следования за источником, другие требовали почти исследовательских приёмов по извлечению и соединению разнородного исторического материала, третьи, наконец, не основывались на данные источника, а всецело зависели только от поэтического вдохновения. Пушкин писал Н.Н. Раевскому в июле 1825 года: «Я пишу и размышляю. Большая часть сцен требует только рассуждения; когда же я дохожу до сцены, которая требует вдохновения, я жду его или пропускаю эту сцену - такой способ работы для меня совершенно нов».
Картина меняется, когда Пушкин приступает, например, к пятой сцене, не имеющей прямого соответствия в тексте карамзинской «Истории». Это - наиболее сложные, с обилием поправок и вариантов, страницы рукописи. Текст неоднократно прерывается фрагментами и набросками других произведений - строфами «Евгения Онегина», черновиками незаконченных стихотворений, подтверждая слова Пушкина: «… когда же я дохожу до сцены, которая требует вдохновения, я жду его или пропускаю эту сцену».

Наибольшего творческого напряжения потребовала именно последняя из дошедших до нас в черновике (пятая) сцена. С оборота листа 52 Пушкин возвращается к трагедии и начинает работу над монологом пробуждающегося Григория. В отличие от окончательного текста в черновике монолог Григория сразу начинается рассказом о сне, а затем следуют его размышления о Пимене. Работа над монологом потребовала большого творческого напряжения и, оборвав текст на строке: «И во всю ночь он не смыкал очей!», Пушкин вновь обращается к «Евгению Онегину». Тексты «Евгения Онегина» далее сменяются черновыми набросками, относящимися к неосуществленному замыслу о Фаусте, черновиком стихотворения «Я был свидетелем златой твоей весны…», и только с середины листа 55 Пушкин возвращается к прерванной работе: «Как я люблю его спокойный лик…». Работа над пятой сценой обрывается в конце листа 56. Незакончив её, Пушкин переходит к другим записям. К работе над трагедией он возвращается уже на не дошедших до нас листах.
Окончание переписки трагедии набело точно устанавливается датой белового автографа - 7 ноября 1825 год
В беловом списке трагедии Пушкин отказался от первоначального архаизированного заглавия, значительно сократив его:
«Комедия о Царе Борисе и о Гришке Отрепьеве(1825)».