Наверное, он чувствовал, что был неправ перед Ленским. Страх породил жестокость. Когда Онегин увидел, что Ленский действительно хочет убить его, он выстрелил первым, чтобы не быть раненным или убитым. Трусость порождает жестокость. Онегин стрелял на поражение в грудь. Его выстрел не оставлял шансов Ленскому. 

Для сравнения. Если взять дуэль Павла Петровича Кирсанова и Базарова Евгения Васильевича из "Отцов и детей", то Базаров целился в ногу. То есть рана уже не была бы смертельной. Возможно, в этом еще и проявлялось благородство врача с клятвой Гиппократа и принципом "не навреди". Да еще Базаров не был так неправ как Онегин. Ведь Евгений Васильевич не ухаживал за Фенечкой (женой брата Павла Петровича). Здесь не было еще чувства вины.

Онегин все же был эгоистом и у него было чувство вины перед Ленским. Он понял, что отношения между ним и другом никогда не будут прежними. Чувство предательства дружбы мучило его.