Орган — один из древнейших музыкальных инструментов. Его история насчитывает несколько тысяч лет. Гуго Риман считал, что родоначальником органа является древняя вавилонская волынка (XIX век до н. э.): «Мех надувался через трубку, а с противоположного конца находился корпус с дудками, имеющими, без сомнения, язычки и по несколько отверстий». Зародыш органа можно видеть также во флейте Пана, китайском шэне и других аналогичных инструментах. Считается, что орган (водяной орган, гидравлос) изобрёл грек Ктесибий, живший в Александрии Египетской в 285—222 гг. до н. э. Изображение похожего инструмента имеется на одной монете или жетоне времён Нерона. Органы больших размеров появились в IV веке, более или менее усовершенствованные органы — в VII и VIII веках. Папе Виталиану традиция приписывает введение органа в католическое богослужение. В VIII веке Византия славилась своими органами. Византийский император Константин V Копроним в 757 году подарил орган франкскому королю Пипину Короткому. Позже византийская императрица Ирина подарила его сыну — Карлу Великому орган, который звучал на коронации Карла. Орган считался в то время церемониальным атрибутом византийской, а затем и западноевропейской императорской власти.

Искусство строить органы развилось и в Италии, откуда в IX веке они выписывались во Францию. Позднее это искусство развилось в Германии. Повсеместное распространение в западной Европе орган получил начиная с XIV века. Средневековые органы, в сравнении с более поздними, были грубой работы; ручная клавиатура, например, состояла из клавиш шириной от 5 до 7 см, расстояние между клавишами достигало полутора см. Ударяли по клавишам не пальцами, как теперь, а кулаками. В XV веке были уменьшены клавиши и увеличено число труб.

Древнейшим образцом средневекового органа с относительно целостной механикой (трубы не сохранились) считается орган из Норрланды (церковный приход на острове Готланд в Швеции). Этот инструмент обычно датируется 1370—1400 гг., хотя у некоторых исследователей столь ранняя датировка вызывает сомнения. В настоящее время норрландский орган хранится в Национальном историческом музее в Стокгольме.

В период позднего Возрождения и в эпоху барокко органостроение в западной Европе приобрело невиданный размах. В Италии XVI—XVII веков наиболее известной была династия органостроителей Антеньяти. В последней четверти XVII и в начале XVIII веков около 150 органов создал или реконструировал легендарный органный мастер Арп Шнитгер (1648—1719), который работал преимущественно в Северной Германии и Нидерландах. Выдающийся вклад в немецкое органостроение внесла династия Зильберманов, их главные мастерские находились в Саксонии и Эльзасе. Расцвет деятельности Зильберманов пришёлся на XVIII век.

В XIX веке благодаря, прежде всего, деятельности французского органного мастера Аристида Кавайе-Колля, который задался целью конструировать органы именно таким образом, чтобы они своим мощным и богатым звучанием могли соперничать со звучанием целого симфонического оркестра, стали возникать инструменты ранее небывалого масштаба и мощности звучания, которые иногда называют симфоническими органами.