Байкальский регион - один из наиболее богатых уникальными природными сокровищами, поэтому количество заповедников, заказников, национальных парков и охраняемых памятников природы в общей сложности приближается к 200. Можно даже сказать, что вся территория Прибайкалья охраняется государством. Исключение составляют только промышленно развитые районы: Бабушкин, Байкальск, Култук, Слюдянка и Северобайкальск, где в течение последних двух столетий сложились урбанизированные промышленные комплексы.
Охрана озера Байкал осуществляется не только государством Россия, эта территория считается зоной всемирного наследия ЮНЕСКО. В мае 1999 года был принят Федеральный закон "Об охране озера Байкал" №94-ФЗ, который определяет статус территорий заповедников, режим охраны и порядок пользования природными богатствами края.
Проблема заключается в том, что некоторые территории Прибайкалья принадлежат Монголии или Китаю, поэтому сложно организовать охрану всего комплекса заповедных мест из-за несовпадения законодательств трех стран, разобщенности всех ведомств и служб, которые за нее отвечают.
Главной целью природоохранных мероприятий в вопросе охраны озера Байкал является сохранение в целости для будущих поколений уникального природного комплекса, который включает неповторимые климатические, геологические, биосферные и другие условия существования живой природы. Некоторые территории остаются свободными от хозяйственной деятельности человека в силу их труднодоступности и отсутствия транспортного сообщения, другие приходится действительно охранять силами органов правопорядка и егерской службы, препятствуя истреблению редких видов животных, рыб, птиц и растений.