Ос­­новным резервуаром вируса клещевого энцефалита в природе являются его главные переносчики, иксодовые клещи, ареал обитания которых находится по всей лес­ной и лесостепной умеренной климатической зоне Евразийского континента (карта). Несмотря на значительное число видов иксодовых клещей, реальное эпидемиологическое значение имеют только два вида: Ixodes Persulcatus (таежный клещ) в азиатской и в ряде районов европейской части, Ixodes Ricinus (европейский лесной клещ) - в европейской части.

Для клещевого энцефалита характерна строгая весенне-лет­няя сезонность начала заболевания, связанная с сезонной актив­ностью переносчиков. В ареале I. Persulcatus заболевание прихо­дит­ся на весну и первую половину лета, май–июнь месяцы, когда наиболее высока биологическая активность этого вида клещей. Для клещей вида I. ri­cinus отмечается подъем биологической активности дважды за сезон, и в ареале этого клеща характерны 2 пика сезонной за­­болеваемости клещевым энцефалитом: весной (май–июнь) и в конце лета (август–сентябрь).