Управление охраной окружающей среды и природопользованием как институт экологического права представляет собой систему правовых норм, регулирующих деятельность всех видов государственных и муниципальных органов, управленческих структур по осуществлению природоохранительных функций, направленную на сохранение, восстановление, оздоровление природной среды и экологической безопасности населения.

В системе управления охраной окружающей среды важное место занимают органы общей компетенции и специальные органы управления.

В соответствии с природоохранительным законодательством и Федеральным конституционным законом «О Правительстве Российской Федерации» на Правительство РФ возлагаются следующие функции в области природоохранительной деятельности: реализация государственной политики в области экологии; координация природоохранительной деятельности министерств, ведомств, учреждений; принятие решений об организации особо охраняемых территорий; руководство внешними связями в этой области и др.

Особая роль в управлении природоохранительной деятельностью отведена специальным органам управления охраной окружающей среды.

Заглавное положение в системе специальных органов отводится Государственному комитету РФ по охране окружающей среды (Госкомэкологии России), поскольку на него возложено осуществление координации деятельности всех специальных органов. Комитет возглавляет государственную службу экологического мониторинга. Он организует и проводит государственную экологическую экспертизу, формирует единую систему особо охраняемых природных территорий, занимается разработкой единой государственной экологической политики. На комитет возложено ведение Красной книги исчезающих животных и растений.

К специальным органам относится Федеральный центр санитарно-эпидемиологического надзора Министерства здравоохранения РФ.

Природоохранительная деятельность большинства специальных органов носит поресурсовый характер. Примером этого может служить деятельность Государственного комитета РФ по земельной политике, который осуществляет различные функции по охране земель (ведение учета, земельного кадастра, мониторинга, землеустройства и т.п.). Министерство природных ресурсов осуществляет аналогичные функции, но применительно к недрам и водным ресурсам. Федеральная служба лесного хозяйства России осуществляет государственное регулирование и государственный контроль в области использования, воспроизводства, охраны и защиты лесов.

Среди важнейших направлений природоохранительной деятельности особое значение за последние годы приобрела функция организации и проведения экологической экспертизы. Она проводится с целью выявления соответствия намечаемой хозяйственной деятельности экологическим требованиям и определению допустимости реализации объекта экологической экспертизы. В основе проведения экологической экспертизы лежат принципы презумпции потенциальной экологической опасности любой хозяйственной деятельности, обязательности ее проведения до принятия решения о реализации объекта экологической экспертизы и др.

Обязательной экологической экспертизе на федеральном уровне подлежат: проекты правовых актов РФ, реализация которых может привести к отрицательным последствиям, проекты нормативно-технических документов, регламентирующих деятельность хозяйственных организаций, которые могут оказать воздействие на окружающую среду. К числу обязательных относятся проекты комплексных целевых программ, проекты генеральных планов развития территорий, проекты схем развития отраслей и другие проекты.