Зоологический музей Императорской академии наук был основан в 1832 году и  был открыт для публики в 1838 году. Тогда в качестве базовой коллекции были взяты экспонаты из  отдела зоологии Кунсткамеры. Весомый вклад в создание музейного фонда внес академик Ф.Ф. Брандт, ставший первым его директором. Первые экспонаты из своих коллекций внесли в музейный фонд Карл Бэр, Федор Брандти и Александр Миддендорф. Русские путешественники - Николай Пржевальский, Миклухо-Маклай и многие другие также подарили ценные экспонаты, привезенные ими из экспедиций.

По мере увеличения коллекции потребовались новые помещения и в 1896 году музей переезжает в здание южного пакгауза Биржи – здание желтого цвета слева от Биржи. В 1901 году после завершения работ по переустройству помещений и перемещению экспонатов состоялось его открытие в присутствии российского императора Николая II, многочисленных членов царской семьи и чиновников