В повести «Белый пароход» по айтматовскому обычаю центральное место занимает тема противостояния добра и зла. Как и в других произведениях автора, в конце концов, зло побеждает. Но называть Айтматова пессимистом, рисующим только тёмные картины, тоже неверно, поскольку не всегда важно, кто выиграл бой. Важно другое: война добра и зла идёт непрерывно, поэтому легко перепутать, на чьей ты стороне, если не посмотреть на свою жизнь под другим углом. А книги Айтматова как раз и помогают это сделать – взглянуть на привычные, казалось бы, ситуации читательским взором и понять, что зачастую плачевные последствия берут корни из крохотных зёрнышек зла…
Повесть отражает как бы две реальности: одна – жизненная – та реальность, в которой существуют герои повести, развиваются события их судеб; другая – вымышленная. Примечательно то, что зло здравствует в жизненной реальности, а добро, к сожалению, – только в вымышленной. Да и главный герой – мальчик семи лет – всё же выбирает мир фантазии, оставляя зло, с которым ему довелось столкнуться на своём коротком веку, в жизненной реальности. Его выбор, скорее всего, будет не одобрен большинством людей, потому что это выбор слабых и угнетённых. Но Айтматов утешает себя и таких, как он. Прочитав повесть, становится понятно, почему киргизы долгое время не особенно жаловали творчество своего соплеменника. За эту повесть Чингиза Торекуловича легко мог проклясть весь киргизский народ. Писатель в открытую заявляет о том, что киргизы забыли свои корни и национальные традиции. А это, как известно, говорит об упадке культуры. Обращаясь к помощи метафор через легенду о Рогатой матери-оленихе, писатель сквозь года напоминает нам о том, как важна для развития человечества духовная связь поколений.