Айдын Аканович Аимбетов родился 27 июля 1972 года в селе Заря Коммунизма Талды-Курганского района Талды-Курганской области Казахской ССР[1] (ныне село Отенай Алматинской области Казахстана)[2]. Происходит из рода жалайыр[3].

В 1989 году после окончания средней школы № 20 в городе Талды-Курган[2] с золотой медалью, поступил в Армавирское высшее военное авиационное Краснознамённое училище лётчиков имени Главного маршала авиации П. С. Кутахова, которое окончил в 1993 году по специальности «командная тактическая истребительной авиации»[1] и получил квалификацию лётчика-инженера[4].

С мая 1993 года проходил службу в Военно-воздушных силах Республики Казахстан на должностях лётчика, старшего лётчика, командира авиационного звена на авиабазе «Барсы Жетысу» близ города Талдыкорган[5]. Освоил самолеты Л-39, МиГ-23МЛ, МиГ-27МД, Су-27. Является инструктором парашютно-десантной подготовки, а также офицером-водолазом[2]. В 1993 году подал первое заявление о зачислении в отряд космонавтов. 5 мая 2001 года повторно подал заявление для отбора в первый отряд космонавтов Казахстана[6]. На тот момент имел более 470 часов налёта и совершил свыше 360 прыжков с парашютом[2]. Летом 2002 года в рамках реализации российско-казахстанской договорённости о проведении совместного космического полёта прошёл медицинскую комиссию в Институте медико-биологических проблем в Москве. 9 ноября 2002 года был рекомендован для включения в отряд космонавтов Республики Казахстан. 17 декабря 2002 года прошёл главную медицинскую комиссию и получил допуск к тренировкам. 29 мая 2003 года начал подготовку в составе группы российских кандидатов в космонавты[4].

С 16 июня 2003 года проходил общекосмическую подготовку в Центре подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина (ЦПК) в Звёздном городке[6]. 28 июня 2005 года сдал государственные экзамены в ЦПК с оценкой «отлично». 5 июля 2005 года решением Межведомственной квалификационной комиссии ему была присвоена квалификация «космонавт-испытатель». Продолжал подготовку в группе космонавтов по программе полёта на Международную космическую станцию. В 2006 году окончил физико-математический факультет Жетысуского государственного университета имени И. Жансугурова по специальности «физика и информатика»[2].

В ноябре 2008 года вместе космонавтом М. Р. Аймахановым рассматривался в качестве кандидата в состав основного экипажа космического полёта осенью 2009 года. Однако в апреле 2009 года руководство Роскосмоса получило официальное письмо от главы Казкосмоса, что «по финансовым вопросам по решению правительства они снимают с полёта казахстанского космонавта» (полёт оценивался в 30 млн долларов)[