Синтаксис (от греч. syntaxis — порядок, построение) — это раздел грамматики, который изучает законы организации связной речи, способы соединения слов в речи и основные единицы связной речи (словосочетание, предложение и др.), их строение, значение и функции.
Синтаксически соединяются слова, получающиеся из них словосочетания и предложения.
Термин пунктуация (от латинского punctum — «точ­ка») — обозначает, во-первых, сами знаки препинания (точки, запятые, тире, двоеточие и др.), а во-вторых, правила их употребления в письменном тексте.
Знаки препинания и знание правил их постановки необходимы как пишущему, так и читающему: пишущему — чтобы выразить определённый смысл, вкладываемый им в своё письменное высказывание, а читающему — чтобы правильно воспринять этот смысл.
Все понятно :)

Синтаксис и Пунктуация относятся к орфографическим ошибкам в написании.
Синтаксис построение порядка предложений и слов, а Пунктуация поставление знаков препинания.