Лафонтен родился в маленьком городке, в семье провинциального чиновника. Родители отправили его изучать право в парижскую семинарию "Оратуар". Вернувшись в отцовское имение в Шампани, он в 26 лет женился на 15-летней Мари Эрикар. Брак оказался неудачным, и Лафонтен, презрев семейные обязанности, в 1647 отправился в Париж с намерением полностью посвятить себя литературной деятельности. До 1674 он продолжал получать доход с наследственной должности "хранителя вод и лесов", которой лишился по приказу министра Кольбера. В столице Лафонтен сблизился с кружком молодых литераторов, называвших себя "рыцарями Круглого стола" и считавших высшим авторитетом Жана Шаплена, одного из основателей классицистской доктрины. Под влиянием друзей он перевел комедию Теренция "Евнух" (1654). Интерес к театру сохранился у него на всю жизнь, но подлинное призвание он нашел в малых поэтических жанрах.

В 1658 ему удалось обрести покровителя в лице министра финансов Фуке, которому посвящено несколько стихотворений - в том числе поэма "Адонис" (1658) и знаменитая "Элегия к нимфам в Во" (1662). После падения Фуке Лафонтен в отличие от многих не отрекся от опального вельможи, из-за чего в 1663 ему пришлось отправиться в кратковременное изгнание. По возвращении в Париж он завоевал расположение герцогини Буйонской - хозяйки салона, где собирались аристократы, оппозиционно настроенные по отношению ко двору.