Отличие в том, что споры у папоротниковидных созревают на обратной стороне листа, а у мхов образуются коробочки со спорами. У папоротниковидных споры попадают во влажное место, прорастая, образуют отросток, на котором образуются мужские и женские гометы. При слиянии гомет образуются зиготы, из которых формируются новые растения. А у мхов всё намного проще: споры рассеиваются и прорастают. 
У папортниковидных в жизненном цикле доминирует спорофит (бесполое поколение), а у моховидных - гаметофит (половое поколение) 
Гаметофит у мхов сохраняется всю жизнь, и спорофит развивается на нём, у папоротников гаметофит редуцирован и отмирает после развития спорофита.